配对交易是一种基于数学分析交易策略，其盈利模式是通过两只股票的差价（spread）来获取，因此与很多策略不同，它是一种中性策略，理论上可以做到和大盘走势完全无关，即策略的beta值可以很低。
配对交易的基本原理是，两个相似公司的股票，其股价走势虽然在中途会有所偏离，但是最终都会趋于一致。
具有这种关系的两个股票，在数学上称作协整性（cointegration），即它们之间的差价会围绕某一个均值来回摆动，这是配对交易策略可以盈利的基础。通俗点来讲，如果两个股票或者变量之间具有强协整性，那么不论它们中途怎么走的，它们的目的地总是一样的。
协整性与相关性 cointegration vs correlation：
需要特别注意的是协整性和相关性虽然比较像，但实际是不同的两个东西。两个变量之间可以相关性强，协整性却很弱，比如说两条直线，y＝x和y＝2x，它们之间的相关性是1，但是协整性却比较差，其pvalue等于0.87811389067154477（两个变量之间的pvalue值越小表示协整性越好）。也有弱相关性+强协整性的例子，比如方波信号和白噪声信号，它们之间相关性很弱，但是却有强协整性。
我们以中国石油和中国石化为例，抛开个别的特殊问题，大致可以认为这两者的经营模式、市场规模、未来前景都极度相似。在大部分时间内，两者的涨跌幅都十分相似。从数据上来看，两者收益的相关性高达0.95，可以套用配对交易模型。
具体来说，若此时：中国石油的股价 - 中国石化的股价，严重高于长期均衡线，我们认为未来两者股价将逐渐靠近。所以，此时买入中国石化，卖出中国石油；反过来，若此时：中国石油的股价 - 中国石化的股价，严重低于长期均衡线，我们认为未来两者股价将逐渐远离。所以，此时买入中国石油，卖出中国石化。
以ETF为例，H股中的恒生医疗和恒生互联也可以做配对交易。